ÚPN sa podarilo založiť až po rokoch úsilia, hoci snaha o založenie nejakej takejto inštitúcie sa objavila prakticky hneď po roku 1989. Až po viac ako desiatich rokoch sa podarilo prijať legislatívu, ktorá vytvorila zákonný rámec pre vznik ÚPN. Ústav odvtedy prešiel rôznymi zmenami a vystriedalo sa v ňom viacero vedúcich i odbor-ných pracovníkov. Ústav sprístupňuje dokumenty o doteraz utajenej činnosti repre-sívnych orgánov v období 1939 – 1989 a pokúša sa aj stanoviť zodpovednosť za porobenie vlasti, vraždenie, zbavovanie majetku, zotročnovanie, ponižovanie a nezákonné prenasledovanie a väznenie občanov, ktorí sa proti režimom prehrešili len svojím nezávislým myslením, úctou k ľudským právam a demokracii, alebo boli prenasledovaní len pre dôvody rasové. Aj z hľadiska výchovy nových generácií a predchádzania podobným recidívam je dôležité odhaľovať mechanizmy, ktoré vedú k morálnemu úpadku a deštrukcii občianskych zásad v spoločnosti, k justičným zločinom a teroru proti politickým oponentom, alebo príslušníkom niektorých rasových alebo národnostných skupín.

Ústav začal svoju činnosť v skromných podmienkach iba niekoľkých kancelárií 1. mája 2003, ale odvtedy sa etabloval a má za sebou niekoľkoročnú viac-menej úspešnú a záslužnú činnosť. Zorganizoval viaceré vedecké konferencie, vzdal publikácie a vydáva aj časopis Pamäť národa. Ústav dostáva tisíce žiadostí od občanov, v ktorých sa zaujímajú o prípady svojich príbuzných a známych. Ich vybavovanie však nie je ľahké, pretože materiály, o ktoré sa žiadatelia zaujímajú.

sú často neúplné a ešte stále nie všetky sú sústredené. Postupne sa v Ústave zamestnalo vyše 60 pracovníkov a vytvorilo sa päť sekcií: sekcia archívu, sekcia informatiky, sekcia sprístupňovania, sekcia právnych analýz a rekonštrukcie dokumentov a sekcia vedeckého výskumu a bádania.

Úlohy ÚPN špecifikujú ustanovenia § 8 zákona 553/2002 Z. z o pamäti národa.

(1) Úlohy zverené ústavu štátom sú najmä:

• vykonávať úplné a nestranné hodnotenie doby neslobody, hlavne analyzovať príčiny a spôsob straty slobody, prejavy fašistického a komunistického režimu a ich ideológií, účasť domácich a zahraničných osôb na nich,
• sprístupňovať prenasledovaným osobám dokumenty o ich prenasledovaní,
• zverejňovať údaje o vykonávateľoch tohto prenasledovania a ich činnosti,
• dávať podnety na trestné stíhanie zločinov a trestných činov podľa § 1; spolupracuje pritom s Generálnou prokuratúrou Slovenskej republiky,
• poskytovať potrebné informácie orgánom verejnej moci,
• systematicky zhromažďovať a odborne dokumentačne spracovávať všetky druhy informácií, dokladov a dokumentov vzťahujúcich sa na dobu neslobody,
• spolupracovať s obdobnými inštitúciami v Slovenskej republike aj mimo nej, hlavne s archívmi, múzeami, knižnicami, pamätníkmi odboja, pamätníkmi koncentračných a pracovných táborov, poskytovať im informácie, bádateľské možnosti a metodickú pomoc a propagovať ich činnosť,
• poskytovať verejnosti výsledky svojej činnosti, hlavne zverejňovať a sprístupňovať informácie a iné doklady o dobe neslobody 1939 – 1989 a o činoch a osudoch jednotlivcov, vydávať a šíriť publikácie, poriadať výstavy, semináre, odborné konferencie, diskusné fóra,
• propagovať myšlienky slobody a obrany demokracie pred režimami podobnými nacizmu a komunizmu,
• rozhodovať o priznaní postavenia účastníka protikomunistického odboja.

(2) V rámci svojej pôsobnosti určenej týmto zákonom je ústav oprávnený vydávať správne rozhodnutia a udeľovať pokuty za priestupky.

(3) Dokumenty o činnosti bezpečnostných zložiek štátu [§ 2 písm. f) a g)] vo vlastníctve ústavu sú nenahraditeľným svedectvom o historickom období, v ktorom vznikli, a preto ako dôležité pre uchovanie pamäti národa sú jeho kultúrnym dedičstvom.

Počas svojej činnosti sa s veľkým záujmom slovenskej verejnosti stretli najmä doteraz vydané zoznamy príslušníkov a vojakov zaradených v útvaroch ŠtB alebo zoznamy arizátorov židovských majetkov a podnikov počas vojnového slovenského štátu.

Podľa správy o spolupráci ÚPN s Generálnou prokuratúrou Slovenskej republiky poskytnutej hovorcom ÚPN je na tomto významnom úseku činnosti ústavu situácia nasledovná:

Spolupráca s Generálnou prokuratúrou SR

Zákon č. 553/2002 Z. z. v § 8 písm. d) ukladá ÚPN povinnosť predkladať podnety na trestné stíhanie zločinov a trestných činov a spolupracovať pritom s Generálnou prokuratúrou Slovenskej republiky. V súvislosti s plnením tejto úlohy ÚPN v roku 2009 spolupracoval s s miestne príslušnými prokuratúrami a orgánmi činnými v trestnom konaní pri objasňovaní podnetov z predchádzajúcich rokov, predovšetkým podnetu z roku 2008 v súvislosti s usmrtením 42 civilných osôb na slovensko-rakúskom úseku železnej opony do roku 1989. ÚPN zároveň pripravil dva nové podnety.

Dňa 15. októbra 2009 ústav Generálnej prokuratúre SR doručil oznámenie o skutočnostiach nasvedčujúcich, že v prípade smrti tajne vysväteného kňaza Přemysla Coufala bol spáchaný trestný čin vraždy. Trestné stíhanie sa v tomto prípade začalo už v roku 1990 na skutkovom základe, že Přemysl Coufal bol usmrtený vo svojom byte na ulici Ľuda Zúbka v Bratislave v noci z 23. na 24. februára 1981 nezistenými osobami. V roku 1991 bolo stíhanie v trestnej veci vraždy spolupáchateľstvom zastavené. Vyšetrovanie zo začiatku 90. rokov sa uspokojilo so zavádzajúcimi výpoveďami kľúčových svedkov – príslušníkov ŠtB. Rovnako už pri vtedajšom vyšetrovaní bolo z výpovedí zrejmé, že ŠtB závažným spôsobom manipulovala s dôkazmi a miestom činu. Ústav pamäti národa je presvedčený, že uvedené vyšetrovanie dostatočne neobjasnilo okolnosti úmrtia Přemysla Coufala, a preto požiadal obnovenie vyšetrovania. Prílohy podania ÚPN na GP SR obsahovali nové skutočnosti – dokumenty, ktoré sa môžu po náležitom preverení stať dôležitými listinnými dôkazmi objasňujúcimi okolnosti úmrtia Přemysla Coufala. GP SR potvrdila prijatie podnetu a 4. decembra 2009 rozhodla o predĺžení lehoty na vybavenie podnetu.

Dňa 15. októbra 2009 ÚPN doručil Generálnej prokuratúre SR na základe nových skutočností žiadosť o obnovu vyšetrovania smrti Milana Košeckého, ktorý zahynul za nevyjasnených okolností po zákroku bezpečnostných síl v roku 1988 v Brne. 27. novembra 2009 odstúpila prokurátorka GP SR podnet na ďalší postup Najvyššiemu štátnemu zastupiteľstvu v Brne. Městské státní zastupitelství v Brně 30. decembra 2009 ústav vyrozumelo o prevzatí podnetu a vyzvalo D. Košeckého (otca obete) na doplnenie podnetu.

Výber zo súčasných alebo nedávnych akcií ÚPN:

- prezentácia knihy Karol Sidor: Denníky 1930 – 1939

- cyklus prednášok pre stredné a vysoké školy

- Slovenská republika 1939 – 1945 očami mladých historikov – IX. Ročník

- Cirkev v okovách totalitného režimu, Likvidácia Gréckokatolíckej cirkvi

v Československu v r. 1950.